jp106 の keymap が

/usr/share/kbd/keymaps/i386/qwerty/jp106.map.gz

にあるので，コピーして caps lock のところを ctrl に変える． 

60c60
< keycode  58 = Caps_Lock
---
> keycode  58 = Control

編集したkeymapを jp106-ctrl.mapとでも名付け，gzipして，もとの場所に戻す．

/etc/rc.confのkeymapを変更． 

KEYMAP="jp106-ctrl"